Geografi
Kabupaten Raja Ampat adalah kabupaten yang wilayahnya sebagian besar terdiri dari gugusan pulau yang terletak pada posisi 2°25′ lintang utara – 4°25′ lintang selatan dan 130° – 132° 55’ bujur timur. Kabupaten ini memiliki luas wilayah ±6.084,5 km². Kabupaten ini terdiri dari kurang lebih 600 buah pulau besar dan kecil, yang termasuk ke dalam pulau besar diantaranya adalah Pulau Salawati; Pulau Butanta; Pulau Misool dan Pulau Waigeo yang merupakan pulau non vulkanik, berbukit-bukit yang sebagian besar ditutupi oleh hutan hujan tropis yang lebat. Sedangkan pulau-pulau kecil yang tersebar di antara pulau besar tersebut ada yang merupakan pulau karang dan pulau non vulkanik yang banyak ditumbuhi oleh pohon kelapa dan semak belukar.
Batas wilayah
Berikut adalah batas wilayah Kabupaten Raja ampat:
Utara Samudera Pasifik
Timur Kota Sorong & Kabupaten Sorong
Selatan Laut Seram
Barat Laut Seram & Kabupaten Halmahera Tengah, Maluku Utara
Topografi
Kabupaten Raja Ampat sebagai wilayah kepulauan, maka memiliki wilayah daratan yang relatif tidak besar dan pada umumnya topografi daerahnya didominasi oleh wilayah perbukitan yang masih dipenuhi dengan hutan alami. Sedangkan wilayah pesisir pantai memiliki karakteristik yang beragam seperti pantai landai berpasir hitam, pantai landai berpasir putih dengan terumbu karang yang sudah rusak sampai dengan yang masih perawan, pantai dalam dan hutan mangrove.
Pulau Waigeo, Pulau Salawati, Pulau Batanta dan Pulau Misool merupakan pulau non-vulkanik yang berbukit-bukit dan sebagian besar masih ditutupi oleh hutan hujan tropis yang cukup lebat. Di Pulau Waigeo terdapat gunung Nokh dengan ketinggian 715 mdpl. Sedangkan pulau-pulau kecil yang tersebar di antara empat kepulauan tersebut ada yang berupa pulau karang dan pulau non vulkanik, pulau-pulau kecil tersebut pada umumnya ditumbuhi oleh tanaman kelapa, semak-belukar dan pohon-pohon kecil.
Kemiringan lahan wilayah perencanaan merupakan lahan dengan kemiringan antara 0% sampai dengan di atas 40%. Sebagian wilayah berupa pegunungan daerah lereng-lereng yang curam seperti di Pulau Batanta, Pulau Waigeo, dan Pulau Salawati. Daerah pegunungan ini dapat mencapai 100 – 300 meter di atas permukaan laut. Wilayah dengan ketinggian di bawah 100 meter dpl umumnya terdapat pada Pulau Salawati bagian selatan. Jika dilihat dari fisiografinya, maka Kabupaten Raja Ampat bagian utara, yaitu Pulau Waigeo dan sebagian Pulau Batanta didominasi oleh pegunungan. Sedangkan pada bagian tengah terutama Pulau Salawati cukup luas daerah datarnya. Untuk Pulau Misool walaupun sebagian besar daerahnya pegunungan, tetapi pada bagian tengah pulau terdapat daerah yang datar.
Geologi dan Hidrologi
Kondisi geologi Kabupaten Raja ampat didominasi oleh formasi batuan kapur yang terbentuk pada masa kuarter. Jenis tanah yang ada disusun oleh batuan dabas, neogen dan terdapat batu gamping yang membentuk bukit-bukit rendah. Pada umumnya batu gamping tersebut bersifat padat dan mengandung pasir seperti batu gamping facet, daram, atkari, zaag, openta, sagewin, dan bogal. Sumber utama batu gamping berasal dari terumbu gamping yang berasal dari binatang laut.
Perbedaan posisi pembentukan batuan ini menimbulkan perbedaan dalam proses sedimentasinya sehingga terbentuk berbagai macam batu gamping tersebut. Jenis batuan lain di wilayah ini adalah batuan sedimen konglomerat yang penyusunannya terdiri dari balian yang tahan lapuk yaitu berupa konglomerat aneka bahan. Batuan breksi yeffman dengan butiran yang lebih besar, fragmen menyudut yang umumnya terdiri dari fragmen batuan hasil rombakan, dalam massa dasar yang lebih halus atau tersemenkan.
Golongan batuan sedimen berupa pasir juga terdapat di wilayah ini dengan kiasifikasi batu pasir dalam. Batuan sedimen serpih yang mempunyai sifat seperti lempung. Batuan serpih di mana pada bidang-bidang lapisan memperlihatkan belahan yang menyerpih dengan klasifikasi serpih lebih juga terdapat di wilayah ini. Beberapa formasi batuan yang terdapat di wilayah ini adalah Formasi Yaben, Formasi Klasafet, Formasi Waigeo, Formasi Rumai, Formasi Yarefl, Formasi Demu, dan Formasi Fafanlaf. Batu metamorf yang ada adalah batuan malihan ligu sedangkan batuan beku terdapat di batuan gunung api Batanta dan batuan Gunung Dore.
Kondisi air wilayah perencanaan secara umum masih baik karena kondisi alam yang masih alami. Beberapa sungai yang cukup besar terdapat di Pulau Waigeo di antaranya adalah Sungai Bayon dengan panjang ± 4 km dan Sungai Kamtabai, dan Sungai Kasim di Pulau Misool bagian barat. Bila dilihat potensi air tanahnya, sebagian besar wilayah daratan di Kabupaten Raja Ampat tidak memiliki air tanah tawar kecuali di pulau-pulau besar seperti Pulau Waigeo, Salawati, dan Misool.
Iklim
Berdasarkan klasifikasi iklim Koppen, wilayah Kabupaten Raja Ampat beriklim hutan hujan tropis (Af) dengan curah hujan yang tinggi sepanjang tahun. Curah hujan maksimum di wilayah ini berlangsung pada periode Mei–Juli dengan curah hujan bulanan lebih dari 220 mm per bulan. Curah hujan tahunan di wilayah Raja Ampat berkisar antara 2.000–3.000 mm per tahun dengan j umlah hari hujan di wilayah ini berkisar antara 170–230 hari hujan per tahun. Suhu udara di wilayah ini berkisar antara 22°–33 °C dengan tingkat kelembapan nisbi ±83%